A CPA reúne representantes de todos os segmentos acadêmicos, designados por Portaria do Diretor Geral. A estrutura de funcionamento da CPA é resultado das experiências de avaliação no contexto institucional, das mudanças e ampliações das unidades acadêmicas ao longo dos anos e da intencionalidade em propiciar melhor visibilidade de atuação da Comissão Própria de Avaliação, contribuição e efetividade do trabalho.
